数据挖掘之PCA-主成分分析

本文介绍: PCA的用处：找出反应数据中最大变差的投影（就是拉的最开）。在减少需要分析的指标同时，尽量减少原指标包含信息的损失，以达到对所收集数据进行全面分析的目的但是什么时候信息保留的最多呢？具体一点？首先：去中心化（把坐标原点放到数据中心，如上图所示）然后，找坐标系（找到方差最大的方向）问题是：怎么找到方差最大的方向呢？？？？？？？？

PCA的用处：找出反应数据中最大变差的投影（就是拉的最开）。

在减少需要分析的指标同时，尽量减少原指标包含信息的损失，以达到对所收集数据进行全面分析的目的

但是什么时候信息保留的最多呢？具体一点？

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Created on Tue Oct 13 11:12:24 2020

@author: pc

 ① 对原数据集零均值化。代码是：meanRemoved = dataMat - mean(dataMat,axis=0)

 ② 求出均值化X的协方差矩阵：公式是：Cov(X)=frac{1}{m-1}X^{T}X，代码是：covMat = cov(meanRemoved,rowvar=0)

 ③ 求这个协方差矩阵的特征值，特征向量，代码是：eigVals, eigVects = linalg.eig(mat(covMat))

 ④ 把这些特征值按从大到小排列，返回特征值的下标，代码是：eigValInd = argsort(-eigVals)

 ⑤ 选出前topNfeat个特征值，返回这些选中的特征值的下标，并根据下标从特征向量矩阵eigVects中取出这些选中的特征向量组成矩阵P，这就是我们要找的变换矩阵P，代码是：redEigVects = eigVects[:,eigValInd[:topNfeat] ]

 ⑥ 返回降维后的数据，公式是：Y=X•P，代码是：lowDDataMat = meanRemoved * redEigVects

 ⑦ 原数据映射到新的空间中。公式是：X^{'}=Ycdot P^{T}+mean，代码是：reconMat = (lowDDataMat * redEigVects.T) + meanValues
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import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def pca(dataMat, topNfeat = 999999):
    meanValues = np.mean(dataMat,axis=0) # 竖着求平均值，数据格式是m×n
    meanRemoved = dataMat - meanValues  # 0均值化  m×n维
    covMat = np.cov(meanRemoved,rowvar=0)  # 每一列作为一个独立变量求协方差  n×n维
    eigVals, eigVects = np.linalg.eig(np.mat(covMat)) # 求特征值和特征向量  eigVects是n×n维
    eigValInd = np.argsort(-eigVals)  # 特征值由大到小排序，eigValInd十个arrary数组 1×n维
    eigValInd = eigValInd[:topNfeat]  # 选取前topNfeat个特征值的序号  1×r维
    print(eigValInd)
    redEigVects = eigVects[:,eigValInd] # 把符合条件的几列特征筛选出来组成P  n×r维
    lowDDataMat = meanRemoved * redEigVects  # 矩阵点乘筛选的特征向量矩阵  m×r维 公式Y=X*P
    reconMat = (lowDDataMat * redEigVects.T) + meanValues  # 转换新空间的数据  m×n维
    return lowDDataMat, reconMat

def drawPoints(dataset1,dataset2):  # 画图，dataset1是没降维的数据，dataset2是数据映射到新空间的数据
    fig = plt.figure()
    ax1 = fig.add_subplot(211)
    ax2 = fig.add_subplot(212)
    ax1.scatter(dataset1[:,0],dataset1[:,1],marker='s',s=5,color='red')
    dataset2 = np.array(dataset2)
    ax2.scatter(dataset2[:,0],dataset2[:,1],s=5,color='blue')
 
    plt.show()
    
if __name__ == '__main__':
    dataSetList = []
    fr = open('pca_data_set1.txt')
    for row in fr.readlines():
        cur_line = row.strip().split('t')
        proce_line = list(map(float,cur_line))
        dataSetList.append(proce_line)
    dataSetList = np.array(dataSetList)
    data = dataSetList
    proccess_data, reconMat = pca(data,topNfeat = 1)
    drawPoints(data,reconMat)