最新zotero与obsidian笔记联动教程（可代替citations和mdnotes）

网上有很多关于zotero与obsidian联动的教程，大都使用better bibtex和citations进行联动，但在将笔记导入obsidian后在zotero中更新数据之后需要重新导入，经过一天折腾终于找到一个最新的插件可完全代替citations。（本文适用于习惯使用markdown做笔记的同学）。

一、联动原理

zotero通过Better-BibTeX软件生成JSON文件导入至Obsidian文件目录，Obsidian插件Bibnotes Formatter读取JSON文件信息在用户命令下生成指定文献的md格式笔记，笔记中包含有{{localLabraryLink}}（zotero中文献条目链接）和{{file}}(zoterp中文献pdf链接)可以从Obsidian中直接打开zotero查看文献，而zotero通过MarkDBConnect插件搜索Obsidian中的@{{citeKey}}格式文件名将zotero中的文献条目与Obsidian中的文献笔记关联实现联动。

二、插件配置

所需插件：

• zotero-better-bibtex （zotero插件）
• Bibnotes Formatter（obsidian插件）
• MarkDBConnect（zotero插件）

安装配置步骤如下：

1、zotero-better-bibtex

（1）下载.xpi插件
方式一：官网下载

方式二：
github下载慢的话可以从我提供的蓝奏云下载：

下载:https://wwd.lanzouj.com/iKBkb05zflli
密码:25io

(2) 安装该插件
安装步骤与其他zotero插件的安装方式一致,不会安装的可以参考我另一篇博客。

(3) 配置zotero-better-bibtex
①设置 Citation keys
Citation keys用于后面obsidian笔记的命名和zotero和obsidian的联动，可以自己设置格式，这里设置为[auth:lower]([year])-[shorttitle1_0:lower]（作者姓氏小写（年份）- 标题的第一个单词小写）
[shorttitleN_M:lower]:取标题前N个单词，前M个大写

②设置哪些字段不导出

③其余保持默认设置即可，到此该插件配置完成

2、Bibnotes Formatter

（1）下载插件
方式一：官网下载

方式二：
github下载慢的话可以从我提供的蓝奏云下载：

下载:https://wwd.lanzouj.com/iZPG005zfl8f
密码:awp5

（2）安装此插件（和obsidian安装插件的方式相同）
①解压缩.zip文件
②将解压缩后的文件复制到obsidian文件根目录下隐藏文件夹”.obsidian“中的”plugins“文件夹下

③重启obsidian并打开插件（注意关闭”安全模式“）

（3）配置此插件
①在zotero中导出.json文件
在 Zotero 的主菜单中，点击”文件“ -> ”导出文献库“（导出整个库）。

②选择导出格式为”BetterBibTeX JSON“，选择”导出笔记“和”Keep updated“（导出文件会使JSON文件很大，因此不勾选，为在添加/删除/修改条目后自动更新导出的库，需要勾选”Keep updated“）

③将JSON文件保存至obsidian的目录中（我将其保存在存放obsidian保存文献笔记的目录）
导出的文献信息可以在Better BibTeX的设置中查看和更改。

④将步骤③中的保存路径填写到下图序号1所在的路径中，其余的配置可参照下图，需要注意的是序号3处一定要增加@，因为在MarkDBConnect插件中设置是使用@{{citeKey}}来索引笔记的

⑤第四步中选择自定义模板后有默认的一套模板，但其中无效字段较多，可以参考我改进的模板

# {{title}}

## Metadata
- **CiteKey**: {{citekey}}
 - **Type**: {{itemType}}
 - **Title**: {{title}}, 
 - **Author**: {{author}}, 
 - **Year**: {{year}} ;
- **Journal**: {{publicationTitle}}, 
- **Pages**: {{pages}}
- **Publisher**: {{publisher}},
- **Location**: {{place}},
- **DOI**: {{DOI}}
------


## Files and Links
- **Url**: [Open online]({{url}})
- **zotero entry**: {{localLibrary}}
- **open pdf**: {{file}}

- **Keywords**: {{keywordsAll}}

## Abstract
{{abstractNote}}

----

## Comments
{{UserNotes}}


----

## Extracted Annotations
{{PDFNotes}}
****



## Summary

  
## Research Objective(s)


## Background / Problem Statement


## Method(s)


## Evaluation


## Conclusion


## Notes

⑥Bibnotes Formatter插件默认使用电脑自带的PDF阅读器打开PDF文件，因此需要对插件做一定的修改。打开插件文件中的main.js文件，找到其中的createLocalFileLink()函数，用下面的代码替换

function createLocalFileLink(reference2) {
  if (reference2.attachments.length == 0)
    return "{{localFile}}";
  const filesList = [];
  for (let attachmentindex = 0; attachmentindex < reference2.attachments.length; attachmentindex++) {
    if (reference2.attachments[attachmentindex].itemType !== "attachment")
      continue;
    // if (reference2.attachments[attachmentindex].path == void 0) {
    //   reference2.attachments[attachmentindex].path = "";
    // }
    // const attachmentPathCorrected = reference2.attachments[attachmentindex].path.replaceAll(" ", "%20");
    // const selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](file://" + attachmentPathCorrected + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].uri == void 0) {
      reference2.attachments[attachmentindex].uri = "";
    }
    const selectedfileUri = reference2.attachments[attachmentindex].uri
    const attachmentKey = selectedfileUri.split('/')[selectedfileUri.split('/').length - 1]
    selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](zotero://select/library/items/" + attachmentKey + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].title.endsWith('pdf')) {
      selectedfile = selectedfile.replaceAll("zotero://select/","zotero://open-pdf/");
    }
    filesList.push(selectedfile);
  }
  const filesListString = filesList.join("; ");
  return filesListString;
}

若觉得修改比较麻烦可以直接下载我修改后的main.js文件替换插件文件夹下的main.js文件。

下载:https://wwd.lanzouj.com/iZ9IH05zp2gj
密码:8ib6

⑦其他的配置默认即可，若想要自己修改可参考官网的使用说明。

3、MarkDBConnect

（1）下载.xpi插件
方式一：官网下载

方式二：
github下载慢的话可以从我提供的蓝奏云下载：

下载:https://wwd.lanzouj.com/ibygo05zflob
密码:gx9u

（2）安装插件过程就不再赘述
（3）配置插件
①依次点击zotero菜单栏的“工具”->“MarkDBConnect Preferences”进入配置页面

②设置文献保存路径（要填写Bibnotes Formatter配置中设置的文献笔记保存路径，填写的路径如下黑色背景图中所示）

③其他保持默认设置即可，至此该插件安装完成，所有插件也都配置完成。

三、zotero与Obsidian联动

1、打开obsidian软件，按下ctrl+P调出命令面板，输入bib，选择下图红框所示命令，之后选择自己想要阅读的文献。

该插件在 Obsidian 中有两个命令：

Update Library：当您选择此命令时，插件将生成/更新自上次选择同一命令以来从 Zotero 修改的所有笔记。如果第一次选择此命令，则插件将为导入的参考书目中的所有条目创建/更新文献信息。

Create/Update Literature Note：当选择此命令时，系统将提示您从已导入的库中选择参考文献之一。如果在指定文件夹中尚未导入该文献笔记，则会根据之前设置的模板生成新的笔记。如果笔记已经存在，其内容将被更新而不会覆盖现有笔记（例如，从 Obsidian 中手动添加的笔记和块引用不会被覆盖）。可以选择第一个选项（“整个库”）来创建/更新导入库中的所有笔记。

2、按照上述方法操作会在设置的文献笔记保存路径下生成一个名为@{{citeKey}}的md文件，如下图所示，在此文件中会自动提取你在zotero自带阅读器中所做的笔记

3、使用MarkDBConnect插件将zotero文献链接到obsidian中的笔记文件
（1）依次点击zotero菜单栏中的”工具“->“MarkDBConnect Sync Tags”，若设置正确插件会自动找到步骤2中的md笔记文件并与之关联

（2）关联以后即可从zotero中打开obsidian中生成的文献笔记（右击关联了文献笔记的文献条目）

（3）在阅读完一篇论文后可能会在论文中做许多标记，此时右击”从注释中添加笔记“会将pdf中做的笔记和高亮部分提取出来

（3）导出笔记后在obsidian中运行再次运行Create/Update Literature Note命令即可将更改的信息全部更新至obsidian文献笔记中，不会覆盖前一次的笔记，同时也会记录每一次的阅读笔记，当然也可以在阅读完文献以后再生成阅读笔记，此过程可反复操作，至此zotero和Obsidian的联动就完成了，可以很方便地在两个软件中快速实现切换。

zotero的常用插件配置可以参考我这篇博客：文献管理软件Zotero配置及常用插件安装使用

参考：

1、Zotero 插件 Bibtex for Zotero 介绍和安装
2、科研文献阅读——Zotero和Obsidian联动最优解决方案

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