利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图

本文介绍: 数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。而且通过对cluster树的比较，我们可以从中挑选出最好、最稳定到cluster方法，为后续分析打好基础！下面还是在调控聚类树，但是我没看懂跟上面的参数有啥子区别！X就是一个矩阵，里面是我们需要画热图的数据。Cc也是一个调色板，有11个颜色，也是渐进的。Rc是一个调色板，有32个颜色，渐进的。hv是一个热图对象！

数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法，在R语言中有很多函数可以实现，譬如heatmap,kmeans等，除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文章关于《一步一步学heatmap.2函数》，在此与大家分享。由于原作者不详，暂未标记来源，请原作者前来认领哦，O(∩_∩)O哈哈~

数据如下：

  
  library(gplots)
data(mtcars)
x <- as.matrix(mtcars)
rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图-图片1

X就是一个矩阵，里面是我们需要画热图的数据。

Rc是一个调色板，有32个颜色，渐进的

Cc也是一个调色板，有11个颜色，也是渐进的

首先画一个默认的图：

  
  heatmap.2(x)

然后可以把聚类数可以去掉：就是控制这个dendrogram参数

  
  heatmap.2(x, dendrogram=“none”)

然后我们控制一下聚类树

  
  heatmap.2(x, dendrogram=“row”) # 只显示行向量的聚类情况
heatmap.2(x, dendrogram=“col”) #只显示列向量的聚类情况

下面还是在调控聚类树，但是我没看懂跟上面的参数有啥子区别！

  
  heatmap.2(x, keysize=2) ## default - dendrogram plotted and reordering done.
heatmap.2(x, Rowv=FALSE, dendrogram=“both”) ## generate warning!
heatmap.2(x, Rowv=NULL, dendrogram=“both”) ## generate warning!
heatmap.2(x, Colv=FALSE, dendrogram=“both”) ## generate warning!

接下来我们可以调控行列向量的label的字体大小方向

首先我们调控列向量，也就是x轴的label

  
  heatmap.2(x, srtCol=NULL)
heatmap.2(x, srtCol=0, adjCol = c(0.5,1) )
heatmap.2(x, srtCol=45, adjCol = c(1,1) )
heatmap.2(x, srtCol=135, adjCol = c(1,0) )
heatmap.2(x, srtCol=180, adjCol = c(0.5,0) )
heatmap.2(x, srtCol=225, adjCol = c(0,0) ) ## not very useful
heatmap.2(x, srtCol=270, adjCol = c(0,0.5) )
heatmap.2(x, srtCol=315, adjCol = c(0,1) )
heatmap.2(x, srtCol=360, adjCol = c(0.5,1) )

利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图-图片4

然后我们调控一下行向量，也就是y轴的label

  
  heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1) )
heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1), srtCol=45, adjCol=c(1,1) )
heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1), srtCol=270, adjCol=c(0,0.5) )

利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图-图片5

设置 offsetRow/offsetCol 可以把label跟热图隔开！

  
  ## Show effect of offsetRow/offsetCol (only works when srtRow/srtCol is 
## not also present) heatmap.2(x, offsetRow=0, offsetCol=0)
heatmap.2(x, offsetRow=1, offsetCol=1) 
heatmap.2(x, offsetRow=2, offsetCol=2) 
heatmap.2(x, offsetRow=-1, offsetCol=-1) 
heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=0, offsetCol=0)
heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=1, offsetCol=1)
heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=2, offsetCol=2)
heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=-1, offsetCol=-1)

利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图-图片6

  
  ## Show effect of z-score scaling within columns, blue-red color scale 
hv <- heatmap.2(x, col=bluered, scale=“column”, tracecol=“#303030”)

hv是一个热图对象！！！

  
  > names(hv) # 可以看到hv对象里面有很多子对象
> “rowInd” “colInd” “call” “colMeans” “colSDs” “carpet” “rowDendrogram” “colDendrogram” “breaks” “col” “vline” “colorTable” ## Show the mapping of z-score values to color bins hv $KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 638: \dotsan class="com">#̲# Extract the r\dots$ colorTable[hv $KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 124: \dotsn class="str">"#̲FFFFFF"</span><\dots$ colorTable[hv $KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 124: \dotsn class="str">"#̲FFFFFF"</span><\dots$ colSDs + hv $co lM e an s < / s p an >< s p an c l a ss = " p u n " >, < / s p an >< s p an c l a ss = " pl n " > w hi t e B in < / s p an >< s p an c l a ss = " p u n " > [< / s p an >< s p an c l a ss = " l i t " > 2 < / s p an >< s p an c l a ss = " p u n " >] < / s p an >< s p an c l a ss = " pl n " >< / s p an >< s p an c l a ss = " p u n " > * < / s p an >< s p an c l a ss = " pl n " > h v$ colSDs + hv $KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 1148: \dotsn class="str">"#̲303030"</span><\dots$ Type)],
 xlab=‘CellLines’,
 ylab=‘Probes’,
 main=Cluster_Method[i],
 col=greenred(64))
 dev.off()
}

这样就可以一下子把七种cluster的方法依次用到heatmap上面来。而且通过对cluster树的比较，我们可以从中挑选出最好、最稳定到cluster方法，为后续分析打好基础！

对下面这个数据聚类：

  
  require(graphics)
hc <- hclust(dist(USArrests), “ave”)
plot(hc)

首先对一个数据框用dist函数处理得到一个dist对象！

Dist对象比较特殊，专门为hclust函数来画聚类树的！

原文地址:https://blog.csdn.net/qq_15719613/article/details/134868281

本文来自互联网用户投稿，该文观点仅代表作者本人，不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。

如若转载，请注明出处：http://www.7code.cn/show_51001.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符，请联系代码007邮箱：suwngjj01@126.com进行投诉反馈，一经查实，立即删除！

声明：本站所有文章，如无特殊说明或标注，均为本站原创发布。任何个人或组织，在未征得本站同意时，禁止复制、盗用、采集、发布本站内容到任何网站、书籍等各类媒体平台。如若本站内容侵犯了原著者的合法权益，可联系我们进行处理。

热图聚类调色板

相关文章

发表回复 取消回复

发表回复取消回复