Package taxlist version 0.2.4
Descriptioin
将数据框转换为 taxlist 对象。此外，包含分类名称的字符向量将被转换，但不会返回任何关于分类等级和亲本分类群的信息。
Usage
df2taxlist(x, ...)
## S3 method for class 'data.frame'
df2taxlist(x, taxonTraits, taxonViews, levels, clean_strings = TRUE, ...)
## S3 method for class 'character'
df2taxlist(x, ...)Arguments
参数【x】：一个具有分类学名称的数据框或字符向量。
- 如果 x 是一个数据框：
- 列 TaxonUsageID（带有每个名称的id的整数）、
- 列 TaxonConceptID（带有每个分类单元概念的id的整数）和
- 列 TaxonName（字符串）是必须有的。
- 其他可选择提供的列有
- AuthorName（具有名称命名的字符串）、
- AcceptedName（逻辑值，指示该名称是接受名还是异名，默认情况下将设置为TRUE）、
- Level（按自下向上对分类排序的因子）、
- Parent（整数，父分类单元的分类单元概念ID）和
- ViewID（整数，指向分类视图的ID，通常是一个数目参考，只有在提供了 taxonViews 时才会使用）。
- taxlist 的原型中未包含的任何其他列将被视为 names 的属性并插入到 taxonNames slot中。
参数【…】：方法之间传递的进一步参数。对于’character-method’，参数将被传递给’data.frame-method’。
参数【taxonTraits】：具有分类概念属性的数据框（可选项）。如果提供了的话，列 TaxonConceptID 是必须提供的。
参数【taxonViews】：带有分类视图引用的数据框或 lib_df（可选项）。如果提供了的话，列 ViewID 是必须提供的，并且必须与 x 里的同名列匹配。
参数【levels】：设置从下向上的等级或分类等级的字符向量。此参数是可选的，如果未提供，列 Level 将被保留（如 factor）或强制转换为因子，除非没有提供列 Level。
参数【clean_strings】：逻辑值，clean_strings() 方法是否应用到 x。
Value
返回一个 taxlist 对象。
Examples
Cyperus <- read.csv(file = file.path(path.package("taxlist"), "cyperus",
"names.csv"))
head(Cyperus) TaxonUsageID LETTERCODE SHORTNAME TaxonName NATIVENAME
1 192 CYPEAUR Cyperus auriculatus Cyperus auriculatus NA
2 193 CYPECOR Cyperus corymbosus Cyperus corymbosus NA
3 194 CYPEDIF Cyperus difformis Cyperus difformis NA
4 195 CYPEDIG Cyperus digitatus Cyperus digitatus NA
5 196 CYPEDIS Cyperus distans Cyperus distans NA
6 197 CYPEDIV Cyperus dives Cyperus dives NA
AuthorName SYNONYM TaxonConceptID
1 (Nees & Meyen ex Kunth) Kük. FALSE 192
2 Rottb. FALSE 193
3 L. FALSE 194
4 Roxb. FALSE 195
5 L. f. FALSE 196
6 Delile FALSE 197
设置一列指示是否为接受名：
Cyperus$AcceptedName <- !Cyperus$SYNONYM
直接转换即可：
df2taxlist(Cyperus)object size: 32.1 Kb validation of 'taxlist' object: TRUE number of taxon usage names: 95 number of taxon concepts: 42 trait entries: 0 number of trait variables: 0 taxon views: 0
或者，直接使用字符串：
Plants <- df2taxlist(c("Triticum aestivum", "Zea mays"), AuthorName = "L.")
summary(Plants, "all")
------------------------------ concept ID: 1 view ID: none level: none parent: none # accepted name: 1 Triticum aestivum NA ------------------------------ concept ID: 2 view ID: none level: none parent: none # accepted name: 2 Zea mays NA ------------------------------
原文地址:https://blog.csdn.net/whitedrogen/article/details/135849738
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